Jako mnoho jiných Lhot v Čechách byla Lhota Zelenská založena Přemyslem Otakarem I.
Název Zelenská pochází pravděpodobně od místní polohy Zeleneč zvané, část katastru směrem ke Skuřině, kde se po dnes říká v Zelenčích. Dle starších pamětníků pěstovalo se okolo Zelenské Lhoty hojnost ovocného stromoví, které se v létě zelenalo a od toho dostala prý Lhota svoje jméno Zelenská, ve 20. století byl název změněn na Zelenecká Lhota.